Clavijo ya aparece en la escritura del voto del Conde Fernán González (“et Claviggo, et rio de Leza”)

Su actual nombre (CLAVIJO) aparece en la Colección del Archivo de Simancas (documentos núms. 225, 229 y 246 del Tomo 6º). Gozó del famoso Fuero de Logroño.

También se conoce que CLAVIJO pasó a pertenecer a Iñigo, hijo de Don Diego Ortiz de Zúñiga, Justicia Mayor del Rey de Castilla, junto con Baños, Huércanos y Bobadilla.

CLAVIJO –según aparece en el Diccionario Geográfico-Histórico de La Rioja (1846), de Angel Casimiro de Govantes-, fue vendido por escritura otorgada en Baños de Río Tobía el 28 de mayo de 1476, en la cantidad de 430.000 maravedís a los Condes de Aguilar, Señores de Cameros, por Don Pedro de Zúñiga, hijo mayor de Don Diego López de Zúñiga, Señor de Clavijo, Nieva, Arenzana, Tobía y Baños.

Formó parte como villa eximida ó de jurisdicción propia, de la provincia de Soria, hasta la creación de la de Logroño, por Real Decreto de 30 de noviembre de 1833.

Cerca del término de Uñón (hoy Barrio de “La Unión”) se encuentran algunos indicios que confirman la tradición, de haber existido el pueblo de SAN CLEMENTE en el cerro del mismo nombre, cuyos puntos se hallan al Norte del pueblo. Valentín Acha y Hurtado en su obra «Recuerdos y bellezas de La Rioja. De Logroño a Clavijo» (1908) señala que hubo un tiempo en que la población de Clavijo estuvo situada en Los Linares, sobre un montículo que hoy llaman San Clemente, en el que aún pueden verse cimientos de edificios que sirven de bancales para sostener las tierras labrantías que ocupan por completo el montecillo de referencia. Añade que «las continuas invasiones de los árabes de Albelda, siempre seguidas del incendio, del robo y el asesinato, obligaron a los cristianos de San Clemente a refugiarse en Clavijo, población de soldados y pastores, a la vez encargada de sostener el ímpetu guerrero de los conquistadores, que pretendían forzar el paso hacia el mediodía». Cuenta la tradición que el último habitante de San Clemente fue una anciana, quien, al abandonar el pueblo, se refugió en Albelda en lugar de subir a Clavijo, entregando a los moros las llaves en señal de sumisión.